En 1944 se produce una decisión muy importante para una sección que también estaba pujando fuerte en esta época: el Real Madrid de Baloncesto femenino deja de pertenecer íntegramente al club blanco y pasa a englobarse dentro de la Selección Femenina Centro.
Diez años antes, y tras el éxito cosechado por la sección de baloncesto pese a su corta edad, se había creado una homónima sección femenina. La rudimentaria y poca tecnificada práctica en España, hace que el baloncesto se diferenciase del masculino en algunos aspectos, a destacar, que se jugase con una jugadora más, es decir, con seis (dos delanteros, dos centros y dos defensas). También la cancha de juego estaba dividida en tres zonas que las jugadoras no podían abandonar según la demarcación, mientras que se sancionaba el dar más de un bote seguido o retener el balón más de tres segundos. En el seno del club también las mujeres se empezaron a interesarse por este deporte, y en la práctica de aquella curiosa adaptación, por lo que además del primer equipo femenino también se contó con un equipo filial que disputaba el Campeonato de Castilla.
La sección cosecha el mismo año de su aparición su primer título, el Campeonato de Castilla, al que siguió el segundo apenas una década después. Las jugadoras que formaban parte de aquel equipo que cosechó el último título de campeonas de Castilla en la temporada 1942-43, estaba formado por: Loli Rodríguez del Alba, Carmela del Campo, Maruja García San Nicolás, Isabel Belló, Diéguez, Carmela López y Eloísa Bermejo.
En 1943 con el primer Campeonato nacional de Copa, bautizado como Campeonato de España senior femenino de baloncesto, quedó subcampeón frente al Real Club Deportivo Español de Barcelona, aunque su éxito duró hasta su desaparición en el año 1944, cuando la sección se disuelve y sus jugadoras pasan a formar parte de la Sección Femenina Centro (1944-53), que conquistó seis campeonatos de Copa.
La Sección Femenina prestó ayudas años después a un nuevo club madrileño, el Colegios Reunidos de Educación Física Femenina (CREFF) de Madrid, que reunía a distintas jugadoras de los distintos colegios madrileños de la zona centro de la capital. Nace un nuevo club que se vinculó fuertemente al Real Madrid C. F. con las incorporarones de Raimundo Saporta e ignacio Pinedo bajo la dirección técnica. Era, a efecto oficioso, la sección femenina del club blanco, por lo que pasó a jugar sus partidos en el antiguo Pabellón de la Ciudad Deportiva del Real Madrid Club de Fútbol con uniforme blanco, característico de la entidad. La insistencia de Raimundo Saporta de recuperar nuevamente la sección de manera oficial, bajo la denominación de CREFF, se encontró con la negativa de Santiago Bernabéu, por lo que hizo las veces de equipo femenino sin estar reconocido legalmente, convirtiéndose en el equipo del momento.
Desde 1960 hasta 1971 cosechó varios éxitos tanto regionales como nacionales entre los que destacaron nueve Ligas, además de cuatro Copas y nueve participaciones en una Copa de Europa fuertemente dominada en aquellos años por el Daugawa Rīga soviético. El equipo acabó disolviéndose definitivamente en 1980, y pasando sus jugadoras al Club de Vacaciones, que fue absorbido posteriormente por el Canoe Natación Club, que recogió el testigo madridista como equipo puntero del baloncesto madrileño femenino. Años después renace el club bajo el nombre de Club Deportivo CRF, pero ya desvinculándose por completo como sección femenina del Real Madrid.